ALT SPL MUT DB

Alternative Splicing Mutation Database

Bechtel J M, Rajesh P, Ilikchyan I, Deng Y, Mishra P K, Wang Q, Wu X, Afonin K, Grose W E, Wang Y, Khuder S, and Fedorov A
NOTE: This is the final 1.0 release of the ASMD. All substitution mutations now have a note describing the codon change involved, based on the exon phase according to the EID. Entry 11 was found to describe a substitution in the last position of its exon (so, in a splicing junction) and had to be removed. A deposition form will be forthcoming.
NOTE: Later releases of the ASMD are now available by following this link. It has a much improved interface, many more entries, a true relational database back-end, and a public deposition form. This site is preserved for now, but may disappear in the future. The link to the more permanent home for the 1.0 release is http://mco321125.meduohio.edu/~jbechtel/asmd/1.0/. Please update any bookmarks to reflect the new location.


Gene info: EID ID [1720A_NT_004487]
>1720A_NT_004487 protein_id:NP_002829.2; Homo sapiens chromosome 1 genomic contig. /gene="PTPRC"; intron(phase:u1111111111110121010100200100020,size:88,53004,4338,2654,2682,767,1099,2235,1180,1425,3128,3609,1253,4113,5863,688,2445,573,89,1639,95,701,6616,205,1686,3905,1216,942,1622,222,1496,1501,intr_sum:113079); exon(size:43,116,27,198,141,144,75,27,219,129,138,120,159,209,61,109,35,110,91,77,37,98,126,158,136,150,91,134,135,123,179,136,1296,ex_sum:5027); {splice:gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag,gtag}; CDS_start=181, CDS_end=117086, CDS_len=3915
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